NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块–NEB酶试剂

产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于所有测序平台/模块和酶

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块                              收藏

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#E7626L
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 NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)
 NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)

产品特点:

使用更平衡的引物池,提高 SARS-CoV-2 基因组覆盖深度的均一性
病毒基因组起始范围广:10–10,000 个拷贝
简化、高效的操作流程
 

概述:

目前对 SARS-CoV-2 测序的可靠性和准确性的要求日益增长,为了满足上述需求,NEB 推出 NEBNext® ARTIC 文库制备试剂盒。这些试剂盒根据 ARTIC Network(1)原始流程开发,采用多重扩增子的方法对病毒进行全基因组测序。


ARTIC SARS-CoV-2 操作流程是一种可覆盖整个病毒基因组的多重扩增子测序方法。基于此方法,NEB 开发了 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块,并优化和创新了相关试剂,用于 cDNA 合成和扩增。

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块包含用于 SARS-CoV-2 gRNA 的 cDNA 合成及扩增试剂。已平衡的 NEBNext ARTIC 引物和优化的试剂可在较宽的拷贝数范围内提高 gRNA 扩增子的均一性。

无论起始量多少(10 – 10,000 个病毒基因组拷贝)都可使用同一个 RT 方案,并且在靶向扩增前无需进行标准化。使用已平衡的多重引物,以提高整个病毒基因组的扩增子覆盖度均一性。

完整试剂盒还包含针对 ARTIC 流程优化的文库制备试剂,可用于 Illumina® 测序平台较小的(~150 bp)(NEB #E7658)或较大的(~400 bp)(NEB #E7650)插入片段文库制备,也可用于 Oxford Nanopore Technologies(NEB #E7660)测序平台。
 
1.(Josh Quick 2020. nCoV-2019 sequencing protocol v2 (GunIt). protocols.io https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bdp7i5rn).
 

产品描述:

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块--NEB酶试剂

SARS-CoV-2 RT-PCR 扩增性能优越。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNAThermoFisher QS0639)中的 10 – 10,000 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 VR-1991)。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池对起始样本进行多重扩增子扩增。使用 Qubit™ dsDNA BR Assay KitThermoFisher Q32850)测定平均扩增子产量。

 

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块--NEB酶试剂

Illumina 平台使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 引物池,可提高基因组覆盖度。基因组数据可视化图(IGV)显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNAThermoFisher QS0639)中的 1,000 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 VR-1991)。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增:IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel“Standard”)和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)。使用 MiSeq® 2 x 75 bp)测序。测定每个碱基的覆盖深度,向下抽样(seqtkReads 数,使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组(NCBI, NC_045512)。

 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块--NEB酶试剂

 

在 Oxford Nanopore Technologies 平台使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 引物池,完全覆盖基因组所需的 Reads 数更少。IGV 图显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。使用 IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel(“Standard”)或 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池,100 ng 人类通用参考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 1000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 和 VR-1991)作为起始样本制备扩增子。使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)、Oxford Nanopore Technologies Native Barcoding Expansion kits 1-12(EXP-NBD104)、1 3-24 (EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(SQK-LSK109)和 SFB Expansion Kit(EXP-SFB001)制备文库。使用 R9.4.1 flow cells 在 GridION 仪器上进行测序,并使用 Minimap2 比对数据。

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块流程

 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块--NEB酶试剂