单细胞全基因组扩增分析酶试剂盒Takara

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息。

单细胞全基因组扩增分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech R300718 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 24 Rxns ¥5,518 单细胞全基因组扩增分析 单细胞全基因组扩增分析 单细胞全基因组扩增分析
Clontech R300722 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 96 Rxns ¥19,606 单细胞全基因组扩增分析 单细胞全基因组扩增分析 单细胞全基因组扩增分析
Clontech R300723 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 480 Rxns ¥83,328 单细胞全基因组扩增分析 单细胞全基因组扩增分析 单细胞全基因组扩增分析
收藏产品 加入购物车
 
 
PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
· 单细胞(或<15 pg DNA)起始,可获得可重复的结果
· 卓越的等位基因再现性
· 易于使用和自动化
· 应用广泛,可以用于微阵列,PCR等
 
PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以从单细胞扩增DNA,获得高度可重复的文库。细胞裂解和预扩增后,进行低背景的PCR扩增,并在3小时内获得微克级产物。
除了延续之前PicoPLEX WGA Kit可进行高度可重复的拷贝数变异(CNV)分析外,该试剂盒通过使用高保真酶,尽可能减少扩增误差,并能检测单核苷酸变异(SNV)。
 
单细胞全基因组扩增分析
图1. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技术
 
表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3进行高质量单核苷酸变异(SNV)检测
单细胞全基因组扩增分析
 
以单细胞 (1cell) 和5个细胞 (5 cells) 的GM12878细胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式两份),分别使用PicoPLEX WGA v3,A公司试剂盒和B公司试剂盒,以及bulk gDNA对照制备全基因组扩增产物,进行SNV检测的比较。其中B公司试剂盒虽然制备了足够的扩增产物,但只有5 cells样本中一个包含足够的扩增子进行测序,而其他样本无可用数据进行测序。根据Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 数据库的交叉分析,预计GM12879细胞系总共存在78个SNVs。由于扩增子的设计,2×75 bp的读取长度很短,78个SNVs中的4个未能检测到。因此,检测的SNV总数减少到74个。使用VarDict软件,以≥10reads (10X coverage) 和等位基因频率≥20%为基准从BAM文件分析SNV。与其他两个公司试剂盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丢失率。
(数据来源于Takara Bio USA, Inc.)
 
单细胞全基因组扩增分析
图2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV检测
 
以来自不同细胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的单细胞起始,使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3扩增基因组。之后取1ng的扩增产物,使用Illumina Nextera XT Kit制备文库,并在Illumina MiSeq(PE 75)进行测序。对Fastq文件去除接头序列信息后,与human genome assembly GRCh37进行比对。只分析常染色体。对于这两个panels,校准归一化至100万reads,使用bedtools 2.25.0计算每1 Mb的 bin的reads数。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)绘制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3还显示了可以高品质的进行染色体异倍性分析。
 
单细胞全基因组扩增分析
图3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因组覆盖范围的重现性高
 
以GM12878的单细胞样本起始(一式两份),分别使用PicoPLEX WGA v3,A公司试剂盒和B公司试剂盒扩增基因组。之后取1ng的扩增产物,使用Illumina Nextera XT Kit制备文库,并在MiSeq(PE 75)进行测序。然后与human genome assembly GRCh37进行比对,归一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后,使用bedtools 2.25.0计算每个1 Mb的bin的reads数。对这两个单细胞文库的每个窗口的total read进行绘制,计算Pearson和Spearman相关性并在每个图中标明。
Panel A. 包含异常值的样本。*由于不同技术存在不同的偏差,没有排除相关点,所以图表的比例不同。
Panel B. 排除异常值的样本。与A公司和B公司试剂盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的重现性和覆盖度。
(数据来源于Takara Bio USA, Inc.)
 
 
Technote:单细胞全基因组扩增分析
 
资料下载:单细胞全基因组扩增分析
 
产品详情请点击:单细胞全基因组扩增分析
 
 
 

页面更新:2020-05-19 13:43:45

基因组DNA酶试剂盒Takara

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息。

基因组DNA
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 636401 Human Genomic DNA 100 μg ¥4,083 基因组DNA 基因组DNA
Clontech 636402 Mouse Genomic DNA 100 μg ¥4,089 基因组DNA 基因组DNA
收藏产品 加入购物车
 
 
产品详情请点击:基因组DNA
 
 

页面更新:2020-08-04 10:49:18

CRISPR全基因组sgRNA文库系统酶试剂盒Takara

上海金畔生物科技有限公司代理Takara酶试剂盒全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息。

CRISPR全基因组sgRNA文库系统
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 632646 Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library System 5 Screens ¥21,144 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统
Clontech 632647 Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library NGS Analysis Kit 10 Rxns ¥7,004 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统
Clontech 632651 Guide-it CRISPR Genome-Wide Library PCR Kit 20 Rxns ¥3,445 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统
收藏产品 加入购物车

无标题文档

 
 
CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统 CRISPR全基因组sgRNA文库系统
 
 
注意:购买632646产品时,需要填写专利确认书
 
CRISPR全基因组sgRNA文库系统
· 包含超过76,000条基于Brunello文库的sgRNAs,既可以实现更高的靶向特异性和靶向活性,
   同时也可以保持很低的脱靶效应点击下载sgRNA representation data.
· 每一个人类基因对应4条高活性sgRNAs, 可以通过单一模块进行筛选
· 优化后的sgRNA scaffold有助于加强Cas9-sgRNA之间的相互作用,实现高基因编辑效率
· 慢病毒sgRNA文库已与Lenti-X Packaging Single Shots和Xfect Transfection Reagent
   配制在一起,因此只需要加入水就可以获得高效转染混合液,用于转染Lenti-X 293T cells
   制备高滴度慢病毒sgRNA文库
· 自失活慢病毒载体保证慢病毒制备和使用过程中高水平的生物安全性
 
Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library System可以使用CRISPR/Cas9在人细胞中轻松实现全基因组表型敲除筛选。Lenti-X Single Shots包含了全基因组sgRNA文库和Cas9表达系统,可方便制备出稳定表达Cas9和sgRNA文库的细胞系进行每一次筛选。该sgRNA文库是基于Brunello文库 (Doench et al. 2016; Doench, 2018) 所构建的,包含了超过76,000条向导RNA以及非靶向sgRNA对照,每一个人类基因对应4条高效率sgRNAs,可对大约19,000个基因进行有效筛选。文库筛选后,使用Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library NGS Analysis Kit制备NGS样品进行新一代测序分析,此试剂盒包含了以sgRNA文库转导后的细胞来制备NGS样品所必需的引物和试剂。
 
我们精心构建这个sgRNA文库以确保其固有的sgRNA代表性。在文库合成、扩增、病毒制备和靶细胞转导每一步操作过程中,我们都会对sgRNA代表性进行检测。Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library System包含经过验证的构建在慢病毒载体上的sgRNA文库和Lenti-X 293T cells,这个sgRNA文库以脱水形式提供。只需要添加水至冻干的文库混合物中就可以获得高效转染混合液,然后将混合物添加至293T细胞的培养液中进行转染就可以制备获得慢病毒粒子。每一批sgRNA文库都通过NGS进行了检测,确保超过90%的sgRNAs在10倍分布范围以内。我们也优化了pLVXS-sgRNA-mCherry-hyg载体中的sgRNA scaffold序列,有助于加强Cas9-sgRNA之间的相互作用,实现高基因编辑效率。本系统通过使用高滴度的慢病毒包装系统Lenti-X Packaging Single Shots,可以有效维持慢病毒sgRNA文库的代表性。
 
应用:
· 人细胞全基因组表型筛选
· 功能缺失型遗传筛选
 
注意事项:
· Guide-it CRISPR Genome-Wide Library PCR Kit (Code No. 632651) 包含了扩增sgRNA进行
   NGS分析的所有引物和试剂,起始样品为从筛选出的细胞群分离提取的基因组DNA,
   此试剂盒可用于制备10个测序文库(20 PCRs)。
· Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library NGS Analysis Kit (Code No. 632647)包含
   Guide-it CRISPR Genome-Wide Library PCR Kit和基因组DNA纯化试剂以及PCR产物纯化试剂。
 
参考文献:
Doench, J.G. Am I ready for CRISPR? A user’s guide to genetic screens. Nat. Rev. Genet.19, 67 80 (2018).
Doench, J.G. et al. Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9. Nat. Biotechnol. 34, 184 191 (2016).
 
Technical Notes
CRISPR全基因组sgRNA文库系统 Performing a phenotypic screen using the Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library System
 
CRISPR screening webinar
Lentiviral CRISPR/Cas9 knockout screening made simple
 
 
实验例:
CRISPR全基因组sgRNA文库系统
图1 Guide-it CRISPR sgRNA文库所使用的载体和sgRNA scaffold示意图。Panel A. 从pLVXS-EF1a-Cas9-PGK-Puro和pLVXS-sgRNA-mCherry-hyg 载体图谱中我们可以观察到所使用的慢病毒载体骨架。这些慢病毒载体经过了自失活处理,以提高病毒制备和使用过程中的生物安全性。pLVXS-sgRNA-mCherry-hyg载体包含一个IRES连接的双顺反子表达框,可以同时表达mCherry红色荧光标记和潮霉素抗性筛选标记。sgRNAs由人U6启动子表达,包含经过优化的scaffold序列,可以高效招募Cas9,实现更高的基因编辑效率(Panel B)。
 
CRISPR全基因组sgRNA文库系统
图2 通过mCherry红色荧光判断慢病毒sgRNA文库的转导效率。按照用户手册的指导来制备慢病毒sgRNA文库,转染48小时后收集慢病毒粒子,以不同的MOIs转导表达Cas9的A375细胞。接种培养转导后的细胞,转导48小时后通过荧光显微镜和FACS 检测转导效率。
 
CRISPR全基因组sgRNA文库系统
图3 Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library System包含的sgRNA代表性分析。Panel A. 质粒文库中的sgRNA代表性分析。将基于Brunello的sgRNA文库克隆至pLVXS-sgRNA-mCherry-hyg载体并进行扩增,通过NGS验证这个质粒文库中的sgRNAs代表性。检测结果显示,这个文库中超过90%的sgRNAs在10倍分布范围以内。图表中的柱形表示具有特定读段数的sgRNA数量。Panel B. 比较质粒文库和转导细胞中的sgRNA代表性。以潮霉素为筛选标记,筛选出Cas9+/sgRNA+ A375细胞,提取基因组DNA并进行PCR扩增。测序分析PCR产物,检测PCR产物中每一个整合的sgRNA相对于起始质粒DNA文库的读数。Spearman和Pearson相关性分析结果显示这两者都具有强相关性,这说明这个系统无论是在经过转导的细胞中还是筛选后的细胞中都可以有效保持sgRNA的代表性。
 
CRISPR全基因组sgRNA文库系统
图4 使用6-硫鸟嘌呤(6-TG,一种核苷酸类似物癌症治疗药物)作为筛选标记进行sgRNA文库筛选的操作流程示意图。sgRNA文库转导Cas9+ A375细胞后,进行潮霉素筛选、细胞扩培,之后将Cas9+/sgRNA+细胞传代至两个培养皿中。在其中一皿Cas9+/sgRNA+细胞培养液中添加6-TG,另外一皿细胞不添加6-TG使用常规培养条件进行培养。细胞扩培之后,使用Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library NGS Analysis Kit提取基因组DNA并制备测序样品。
 
CRISPR全基因组sgRNA文库系统
图5 从6-thioguanine (6-TG)筛选出的细胞中分离提取sgRNAs进行鉴定分析。Panel A. 比较用于制备慢病毒的原始质粒文库和转导后未经筛选/筛选后细胞中的sgRNA代表性。作用于HPRT(红点)和NUDF5的4条sgRNAs(黑点)均富集在6-TG筛选过的细胞中。在质粒文库(灰色)和转导后未经筛选的细胞(橘色)中,这些sgRNAs的表征也是可以检测到的。Panel B. 在经过6-TG筛选后的细胞中,sgRNA的代表性就发生了转变(蓝色)。在这个相关性分析中,重点标注出了被富集的单个sgRNAs(红点和橘点)。插图显示了与未经筛选的细胞相比,在筛选后的细胞中作用于HPRT的4条sgRNAs的富集倍数。
 
■ 产品组份
Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library System(Code No. 632646)
Guide-it Cas9 Lentiviral Transfection Mix 5 vial
Guide-it Lentiviral sgRNA Library Transfection Mix 5 vial × 2
pLVXS-sgRNA-mCherry-hyg Vector (0.5 μg/μl) 10 μl
Lenti-X 293T Cell Line 1 ml
Lenti-X GoStix Plus  
· Chase Buffer 3 ml
· Lenti-X GoStix Plus 3 testes
· p24 Control 5 testes
   
Guide-it CRISPR Genome-Wide Library PCR Kit(Code No. 632651)
LVXS P5 primer pool with index 1 (10 μM) 100 μl
LVXS P7 primer with index 2 (10 μM) 100 μl
LVXS P7 primer with index 3 (10 μM) 100 μl
LVXS P7 primer with index 4 (10 μM) 100 μl
LVXS P7 primer with index 5 (10 μM) 100 μl
TaKaRa Ex Taq (5 U/μl) 30 μl
10X Ex Taq Buffer (Mg2+ plus) 500 μl
dNTP Mixture (2.5 mM each) 400 μl
   
Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library NGS Analysis Kit(Code No. 632647)
Guide-it CRISPR Genome-Wide Library PCR Kit(Code No. 632651)
NucleoBond CB 500(Code No. 740509)
NucleoSpin Gel and PCR Clean-up (Code No. 740609.10)
 
 
产品详情请点击:CRISPR全基因组sgRNA文库系统
 

页面更新:2020-04-20 14:11:15

动物组织基因组 DNA 提取试剂 ISOTISSUE

  • 产品特性
  • 相关资料
  • Q&A
  • 参考文献

动物组织基因组 DNA 提取试剂动物组织基因组 DNA 提取试剂                              ISOTISSUE

ISOTISSUE

◆原理

       ISOTISSUE 是能够从动物组织中提取基因组 DNA 的试剂盒。过程中无需使用苯酚、氯仿等有害化学物质,而且使用微量离心管,操作更加简单。全过程约3小时就可完成。使用本产品能够得到几十~几百的基因组 DNA,而且纯度还相当高,能够用于限制酶的基质和 PCR 。

产品编号 产品名称 产品规格 产品等级
317-03103 ISOTISSUE
 动物组织基因组DNA提取试剂
3次用
311-03101 ISOTISSUE
 动物组织基因组DNA提取试剂
30次用