为去除不需要的底物,需要更换透析缓冲液,以形成新的浓度梯度。更换缓冲液后,颗粒会继续从高浓度一侧向低浓度一侧移动,直到再次达到平衡。每次更换透析缓冲液,膜内部的底物按两个部分的体积差,被进一步纯化。例如,在100mL的透析缓冲液中透析1ml的样品,平衡时,可透析底物的浓度将被稀释100倍。每更换100mL新的缓冲液,将使样品再稀释100倍。如更换3次100mL的透析缓冲液,且假定每次更换透析缓冲液前,均达到完全平衡,样品种底物的稀释倍数将为100x100x100,即1,000,000倍。
影响透析速率的因素有很多,包括:1)透析缓冲液体积;2)缓冲液组成;3)缓冲液更换次数;4)透析时间;5)温度以及6)颗粒粒径与膜孔径的比值。相比仅稍小于膜孔的底物,远小于膜孔的底物会更快地达到平衡,即需要透过的分子的分子量与膜孔的截留分子量(MWCO)差别越大,透析速率越快。
从透析的影响因素可见,特定样品所需的透析时间很难预测。为彻底更换缓冲盐,一般实验时,多使用样品体积200-500倍的透析缓冲液,在室温条件下透析6-8h,并至少更换3次透析缓冲液。最后一次更换后,再4℃透析一日。这种方法也适合用于去除生物素标记或交联实验中过量的标记试剂和反应副产物。
此外,由于在透析过程中,分子是双向透过半透膜的,且每种底物达到其自身平衡的过程与其它底物无关,所以,较易发生样品稀释。如果某一底物的浓度在膜外侧较高,且粒径足够小,可以自由通过膜孔,其会有从透析缓冲液进入膜内部样品的“净”移动。
而水是非常小的分子,可以通过几乎所有规格透析膜的膜孔。当以较稀释的缓冲液透析高溶质浓度的样品时,会有通过膜进入透析膜的水的“净”移动。当样品中含有甘油和某些糖时,因其具有较强的吸湿性,扩散通过膜达到平衡后,会显著影响水的渗透性,导致样品体积变化。
为降低水的移动及其所导致的样品体积的变化,透析时可使用“步进式”方法,即需要使用低溶质浓度缓冲液透析高溶质浓度的样品时,可先用稍高浓度的透析缓冲液进行透析,之后每次更换缓冲液时,再逐步降低缓冲液浓度,并最终达到所需的缓冲液浓度,从而降低在透析过程每个阶段,样品和透析缓冲液的水“浓度”的影响。