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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit酶试剂盒Takara

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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
Clontech 635016 SMARTer® Human TCR a/b Profiling Kit 96 Rxns ￥61,300 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit
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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit—
获得TCR-α和TCR-β链V(D)J可变区全长序列
· 完整的 V(D)J序列信息—获得TCR mRNA转录本可变区全长序列
· TCR-alpha 和 TCR-beta—分析TCR2个亚基的多样性，无论是同一实验还是单独实验
· 起始样品灵活—可以10 ng-3 μg 外周血RNA或50-10,000个纯化T细胞起始
· 无需多重PCR—每次反应利用一对引物扩增相应的TCR亚基
· Illumina-ready 测序文库—无需接头连接即可添加Illumina接头和index序列
· 灵敏度高—即使是测序深度很低的情况下也可检测低丰度TCR序列
· 出色的重复性—在不同起始量情况下可以获得一致性很好的结果
 
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit给需要开展T细胞受体（TCR）NGS分析的研究者提供了一种新的强大的解决方案。试剂盒采用类似于5’RACE的方法，可以人血液RNA(10 ng-3 μg)或完整淋巴细胞(50-10,000 个纯化T细胞)起始，捕获TCR V(D)J完整可变区域。顾名思义，本试剂可以在同一实验或单独实验中获得TCR-alpha和TCR-beta链多样性数据。与采用多重PCR方法研究TCR多样性不同，每轮文库扩增只使用针对不同TCR亚基的一个引物对扩增。构建的文库添加了index序列可用于Illumina®测序平台测序。
试剂采用了SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template)技术和LNA技术，可以无偏扩增TCR mRNA序列，并具有很高的灵敏度。
 
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit
图1. SMARTer 法文库构建流程及TCR多样性分析PCR策略
 
 
Technote：
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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2酶试剂盒Takara

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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
Clontech 634478 SMARTer® Human TCR a/b Profiling Kit v2 12 Rxns ￥23,613 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
Clontech 634479 SMARTer® Human TCR a/b Profiling Kit v2 48 Rxns ￥51,657 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
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· 适合不同起始量样本：支持total RNA(10 ng-1 μg外周血淋巴细胞来源或 1 ng-100 ng T细胞来源 total RNA)，或者纯化后完整的T细胞（1,000-10,000个）起始；
· 无需多对引物：每次反应仅需一对引物扩增相应的TCR亚基；
· 更灵敏特异的克隆型分析：优化的cDNA文库构建技术，确保克隆型的可靠分析；
· 添加UMI校正：引入UMI建库，校正PCR偏差及测序错误产生的reads；
· 更可靠的样本-数据拆析结果：整合UDI建库，在高通量型Illumina测序仪上有更好的样本拆析与测序可靠性；
· 更灵活的测序平台选择：可自由选择Miseq平台（分析V(D)J 全长信息），或是其它Illumina平台（分析CDR3区），支持最多192个样本同时测序；
· 完整的流程：搭配特别开发的Cogent NGS Immune Profiler Software*完成测序数据分析；
*科研及盈利机构在用TCRv2建库、测序后，均可免费使用Cogent NGS Immune Profiler Software分析测序数据
 
■ 产品说明
T细胞是获得性免疫反应的重要组成部分，其表面受体蛋白（T cell receptors, TCRs）发挥着识别抗原分子的作用。NGS是解析TCR多样性的主流技术，对揭示个体获得性免疫反应的奥秘提供了宝贵的技术支撑。
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 (TCRv2)是一款具有更高重复性和特异性的TCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART（Switching Mechanism at 5′ end of RNA Template）全长cDNA合成技术与5’RACE技术，可捕获TRA和TRB基因完整的V(D)J可变区，用于后续NGS分析。
TCRv2试剂盒支持不同input量的RNA（RIN≥8，取决于样本类型）或细胞起始，均可获得高品质的测序文库，如外周血淋巴细胞total RNA(10 ng-1 μg)、T细胞total RNA(1 ng-100 ng)，或纯化后完整的T细胞(1,000-10,000个)。文库中可同时包含α链和β链的多样性信息。
同时，TCRv2试剂盒包含UMI（Unique Molecular Identifier），用以去除PCR偏差及测序错误所产生的reads，提供更正确和可靠的结果。
相较于前代产品，TCRv2所建文库支持更多样的测序平台。既支持Miseq平台（分析V(D)J全长信息），也支持其它Illumina平台（分析CDR3区）。 此外，TCRv2试剂盒还整合了UDI（Unique Dual Index），能更正确拆析采用图案化流动槽技术（Patterned flow cell）测序平台（如NovaSeq™ system）的下机数据，同时也支持更多样本同时测序。
特别开发的Cogent NGS Immune Profiler Software，能直接对Illumina测序仪的下机数据进行高品质的TCR profiling分析，包括克隆型的鉴定与计数、V(D)J区域的序列分析。
 
■ 建库原理
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
 
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
 
■ 不同起始量克隆型检测数据
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
图1 不同的RNA或者T细胞起始量，均能获得高灵敏性和重复性的克隆型检测数据
 
Takara科学家以1、10、100 ng 人CD3+ T细胞total RNA和1,000、10,000个CD3+T细胞制备TRA和TRB文库，测序reads用Cogent NGS Immune Profiler软件分析。结果显示，无论采用RNA还是以复杂度较高的T细胞直接起始，TCRv2试剂盒所建文库均能获得良好的克隆型检测数据。
 
■ 灵敏度测试数据
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
图2 Takara科学家向100 ng PBMC RNA样本中掺入不同浓度（10%，1%，0.1%，0.01%，0.001%和0.0001%）的Jurkat T细胞RNA（包含TRBV12-3-TRBJ1-2克隆型）。采用TCRv2试剂盒扩增TRB CDR3区域并制备文库、NextSeq系统测序。测序reads downsample至 2.5M reads。灰色标记的是所混入的Jurkat RNA检出下限，结果显示，在未通过UMI数据校正时，TRBV12-3的检测极限为0.01%，但是在UMI数据校正的情况下，检测极限下探至0.001%！
 
■ 同类产品比较实验
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
图3 为了比较不同TCR分析方法（DNA based VS RNA based）的性能差异，Takara科学家分别以TCRv2（RNA based, 5’RACE）、Company X（RNA based，接头连接法）、Company Y(DNA based, 多重PCR)作为文库构建方案。接着分离了500万个PBMC细胞作为gDNA和RNA的提取材料，并以1.6 μg gDNA和100 ng RNA制备文库，分析TCR a/b文库的克隆型数量。从结果中可以看出，TCRv2文库获得TRA和TRB基因平均4.87万和16.3万个克隆型检测数据，远高于Company X RNA方法及Company Y DNA方法所获得克隆型数量！
*NT Not Tested
数据来源于Takara Bio USA, Inc.
 
SMART Human TCR-Seq v2：
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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
 
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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit酶试剂盒Takara

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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit—
获得TCR-α和TCR-β链V(D)J可变区全长序列
· 完整的 V(D)J序列信息—获得TCR mRNA转录本可变区全长序列
· TCR-alpha 和 TCR-beta—分析TCR2个亚基的多样性，无论是同一实验还是单独实验
· 起始样品灵活—可以10 ng-3 μg 外周血RNA或50-10,000个纯化T细胞起始
· 无需多重PCR—每次反应利用一对引物扩增相应的TCR亚基
· Illumina-ready 测序文库—无需接头连接即可添加Illumina接头和index序列
· 灵敏度高—即使是测序深度很低的情况下也可检测低丰度TCR序列
· 出色的重复性—在不同起始量情况下可以获得一致性很好的结果
 
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit给需要开展T细胞受体（TCR）NGS分析的研究者提供了一种新的强大的解决方案。试剂盒采用类似于5’RACE的方法，可以人血液RNA(10 ng-3 μg)或完整淋巴细胞(50-10,000 个纯化T细胞)起始，捕获TCR V(D)J完整可变区域。顾名思义，本试剂可以在同一实验或单独实验中获得TCR-alpha和TCR-beta链多样性数据。与采用多重PCR方法研究TCR多样性不同，每轮文库扩增只使用针对不同TCR亚基的一个引物对扩增。构建的文库添加了index序列可用于Illumina®测序平台测序。
试剂采用了SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template)技术和LNA技术，可以无偏扩增TCR mRNA序列，并具有很高的灵敏度。
 
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit
图1. SMARTer 法文库构建流程及TCR多样性分析PCR策略
 
 
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SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit酶试剂盒Takara

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SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit
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Clontech 634402 SMARTer® Mouse TCR a/b Profiling Kit 12 Rxns ￥12,665 SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit
Clontech 634403 SMARTer® Mouse TCR a/b Profiling Kit 48 Rxns ￥39,921 SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit
Clontech 634404 SMARTer® Mouse TCR a/b Profiling Kit 96 Rxns ￥63,453 SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit
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SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit—
获得TCR-α和β链 V(D)J可变区全长序列
· 完整的V(D)J序列信息—获得TCR mRNA转录本可变区的全长序列
· TCR-α和β链—同时或单独分析TCR两个亚基的多样性
· 无需多重PCR—每次反应利用一对引物扩增相应的TCR亚基
· Illumina-ready测序文库—无需接头连接即可添加Illumina接头和index序列
 
SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit 为那些寻求对T细胞受体（TCR）库进行NGS分析的研究者提供了一种强大的新的解决方案。试剂基于5’-RACE 方法可以捕获TCR转录本完整V(D)J 可变区，可以低至10 ng 至500 ng的来源于小鼠脾脏、胸腺或PBMCs的总RNA起始，也可以1,000 至 10,000个纯化的T细胞起始。顾名思义，本试剂可以在同一实验或单独实验中获得α和β链链多样性数据。
与采用多重PCR方法研究TCR多样性不同，每轮文库扩增只使用针对不同TCR亚基的一对引物扩增，提高了效率，减少了引物二聚体形成的可能性。基于多重PCR的分析方法，众所周知容易形成与引物相关的序列特异性偏差；这些偏差在我们基于RACE的方法中不会存在，因为所有的可变区都由相同的恒定区序列引发。采用本试剂~4 h即可构建indexed文库用于Illumina平台测序。
试剂采用了SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template) 技术和LNA技术，可以无偏扩增TCR mRNA序列，并具有很高的灵敏度。
 
SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit
图1. SMARTer 法文库构建流程及TCR多样性分析PCR策略
 
 
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SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit酶试剂盒Takara

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SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格（元） 说明书 数量
Clontech 634431 SMARTer® Human scTCR a/b Profiling Kit 96 Rxns ￥48,426 SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit
Clontech 634432 SMARTer® Human scTCR a/b Profiling Kit 480 Rxns ￥149,865 SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit
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SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit—
阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta 链配对
· 工作流程灵活—可以利用FACS（流式细胞术）或手动分选细胞构建 Illumina测序文库
· 易于使用—优化的index允许将96个细胞混合制成12个文库，
   并可以进一步混合在一个flow-cell lane中测序
· 灵敏度高—基于RACE方法可以检测低丰度TCR变异体
· 特异性好—完整reads，大部分reads可以比对到目标区域，提供准确链配对信息
 
尽管批量T细胞测序有助于进一步了解T细胞受体库（TCR）多样性，但是批量测序不能确定T细胞群内特定的alpha-beta 受体链配对信息。由于特定的TCR alpha-beta链配对介导抗原特异性，获得配对信息对于深入了解抗原识别，靶向免疫治疗TCR的有效设计至关重要，也有助于确立T细胞群的祖先关系。单个T细胞测序可以确定特定细胞的配对信息，但是价格可能非常昂贵并涉及复杂的分析，因为大部分方法需要对大量的细胞测序。
 
使用SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit可以解决这些问题，在SMART cDNA Synthesis中通过采用一系列indexed oligo可以将手动或FACS分选的96个样品制成12个测序pool，并且这12个pool可以进一步混合，这样所有的96个样品可以在一个flow-cell lane 中测序。与用于大量样品测序的SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit 一样，试剂采用了SMART cDNA synthesis和RACE方法，通过进一步的TCR基因特异性PCR完整捕获和扩增TCR-alpha 和TCR-beta可变区构建Illumina测序文库，为TCR测序提供了一种高灵敏度的方法。
 
如果您需要软件对采用本试剂盒构建文库测序获得的数据进行demultiplex分析，请登录SMARTer Human scTCR Demultiplexer。
 
SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit
图1. 在单细胞水平进行T细胞研究的优势。
 
Panel A. T细胞受体alpha链 (TCR-α) 和beta链组成示意图。 Panel B. 示意了难以从批量细胞测序数据中获得alpha链 (TCR-α) 和beta链配对信息。针对稀有克隆型可以分析部分细胞中的配对信息（橙色克隆型），但是对于高表达的克隆型(TCRA V2J1, TCRA V2J2, TCRB V3D1J1, TCRB V2D1J2)可能有4种配对组合。
 
SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit
图2. SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit技术流程及pooling策略。
 
Panel A. 第一链cDNA合成由dT引物（RT引物）起始，MMLV型逆转录酶（RT）会在mRNA 5’端添加几个非模板核苷酸。SMART-Seq Indexed Oligos与这几个非模板核苷酸互补结合作为模板，通过RT在第一链cDNA末端添加额外核苷酸序列（也就是模板转换步骤）。试剂盒中提供8种不同的SMART-Seq Indexed Oligo，每一个SMART-Seq Indexed Oligo中内嵌唯一的六碱基index作为细胞barcode，用于下游pooling细胞的识别。通过RT添加到cDNA末端的额外序列-被称为“SMART sequence”-作为接下来几轮PCR扩增的引物结合位点，确保只有来自于全长cDNA的序列才能被扩增。经过pool（Panel B所示）和纯化后，通过连续两轮基因特异性PCR扩增来自于TCR-α 和/或 TCR-β可变区的cDNA序列。第一轮PCR采用扩增过的双链cDNA为模板，正向引物与SMART sequence互补，同时包含Illumina Read 2序列（TCR Primer 1），反向引物与TCR-α和TCR-β的恒定区（即不变区）互补（TCR a/b Human Primer 1）。第二轮PCR以第一轮PCR产物为模板，采用的正向引物与第一轮PCR添加的Read 2 序列互补。反向引物与恒定区结合，位于PCR1 primers内侧 (TCR a/b Human Primer 2 Reverse HT Index)，扩增TCR-α和TCR-β cDNA的完整可变区及部分恒定区。正向引物和反向引物包含适用于Illumina测序平台的接头序列和index，可以将多达96个样品混合用于在一个flow-cell lane中测序。Panel B. 按列混合样品，这样每个pool中包含8个细胞，每个细胞带有不同index的SMART-Seq Indexed Oligo 。在PCR 2中通过正向和反向HT indexes的不同组合使用，可以将多样品进一步混合在一个flow-cell lane 中测序（更多信息参见User Manual）。
 
SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit
图3. 96孔板中混合细胞群的分析。
 
Panel A. 基于鉴别每孔的克隆型确定细胞种类。遗漏的7个细胞没能通过对高于阈值的TCR-α 或TCR-β的reads数分析确定克隆型。Panel B. 配对信息分析。分析获得了平板中34个细胞的TCR-αβ配对克隆型。Panel C. 以百分比展示了分析细胞的alpha，beta，或alpha-beta配对信息。遗漏的细胞没有包括在分析数据中。
 
 
Technote：
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视频资料：在单细胞水平对人T细胞受体库分析的解决方案
Takara Bio USA公司Dr. Ankita Das和Dr. Sarah Taylor探讨可以实现分析每个细胞中的TCRα和TCRβ链的可变区全长序列，构建测序文库的SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit。
 

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